第十六條船舶航經(jīng)狹水道及特殊水域時，應(yīng)當遵守海事管理機構(gòu)有關(guān)避讓和限速的規(guī)定，聽從海事管理機構(gòu)的指揮。
　　
　　船舶在大馬礁以下閩江通海航道航行時，同噸位等級的，逆水船應(yīng)當避讓順水船；遇有三千總噸以上船舶航行時，不足三千總噸的船舶應(yīng)當及時讓出深水航道。
　　
　　船舶進出港航經(jīng)馬祖印燈浮與中沙燈浮間航道之前，應(yīng)當鳴放一長聲示警，并保持甚高頻無線電話的聯(lián)系。航經(jīng)馬祖印燈浮與中沙燈浮間航道時，同噸位等級的，輕載船應(yīng)當讓重載船。船舶通過金牌門時，五千總噸以上船舶不得會遇，不足五千總噸的船舶不得妨礙五千總噸以上船舶航行。
　　
　　三千總噸以上的船舶不得在馬祖印燈浮至中沙燈浮之間航段、閩安門東高寨(南搬)燈樁至青洲大橋之間的航段追越或者并排航行。一千總噸以上的船舶不得在魁岐碼頭至鰲峰大橋之間的航段追越或者并排航行。
　　
　　第十七條高速客船在港內(nèi)航行，最高靜水航速不得超過十五節(jié)。高速客船未經(jīng)海事管理機構(gòu)批準不得夜航。
　　
　　高速客船在港口水域航行時，應(yīng)當主動讓清所有非高速船舶，在與他船有碰撞危險時，應(yīng)當按照避碰規(guī)則規(guī)定采取避讓措施。
　　
　　第十八條船舶航行、移泊時，船上的艇筏、舷梯和吊桿、輸送帶等不得伸出舷外。
　　
　　船舶、設(shè)施停泊時伸向可供他船航行一側(cè)水域的裝卸貨設(shè)備應(yīng)當調(diào)整到不妨礙他船正常航行的位置，夜間應(yīng)當將其端部照亮。
　　
　　第十九條二萬噸級以上船舶進入閩江口內(nèi)港區(qū)青洲大橋以下水域，一萬噸級以上船舶進入青洲大橋至大馬礁之間水域，三千噸級以上船舶進入閩江口內(nèi)港區(qū)大馬礁以上水域，應(yīng)當事先向海事管理機構(gòu)報告，海事管理機構(gòu)應(yīng)當在四十八小時內(nèi)組織作出技術(shù)評估，并予以答復(fù)，不符合安全條件的，不得進港。
　　
　　第二十條船舶在靠離碼頭、系解浮筒和港內(nèi)掉頭時應(yīng)當顯示信號，采取有效措施保持與外界聯(lián)系，避讓過往船舶。
　　
　　過往船舶應(yīng)當注意瞭望，協(xié)同避讓。
　　
　　第二十一條船舶停泊時，應(yīng)當留有足以保證船舶安全操作的船員。五百總噸以上(或者主機功率750千瓦以上)海船、六百總噸以上(或者主機功率441千瓦以上)內(nèi)河船舶的船長和大副，輪機長和大管輪不得同時離船。船舶防抗自然災(zāi)害時，應(yīng)當服從有關(guān)部門的統(tǒng)一指揮和部署。
　　
　　第二十二條船舶應(yīng)當根據(jù)本船的種類和噸位大小、吃水狀況在公布的錨地范圍內(nèi)錨泊，并服從海事管理機構(gòu)指令。
　　
　　在修造船廠修造期間無動力的船舶不得在港口水域錨泊。
　　
　　禁止船舶在航道、調(diào)頭區(qū)、港池內(nèi)和禁錨地錨泊。遇特殊情況需要緊急拋錨時，應(yīng)當立即報告海事管理機構(gòu)、港口行政管理部門，用甚高頻無線電話等有效手段通報過往船舶，顯示規(guī)定信號，并采取措施及時離開。
　　
　　第二十三條碼頭經(jīng)營人應(yīng)當根據(jù)航道狀況、碼頭設(shè)計靠泊能力和規(guī)定的靠泊寬度，安排具有足夠水深、長度和相應(yīng)設(shè)施的泊位供船舶靠泊。在船舶靠離泊前半小時清理碼頭前沿及調(diào)頭區(qū)域，并按照規(guī)定顯示信號。
　　
　　碼頭設(shè)施不得妨礙船舶靠離泊安全。
　　
　　第二十四條港內(nèi)停泊的船舶舷梯應(yīng)當穩(wěn)固并設(shè)有欄桿、安全網(wǎng)，夜間應(yīng)當有足夠的照明。
　　
　　第二十五條進行供油、供電、供水、維修、海上過駁、船舶污染物接收等作業(yè)的船舶需進行并靠的，在碼頭時的并靠寬度不得超過泊位的設(shè)計靠泊寬度，在錨地時的并靠總寬度不得超過三十米。
　　
　　一千總噸以上或者載運危險貨物的船舶除前款規(guī)定的作業(yè)外與其他船舶不得并靠，確需并靠的，應(yīng)當向海事管理機構(gòu)提出并靠申請，海事管理機構(gòu)接到申請后，應(yīng)當在二十四小時內(nèi)作出是否批準的決定。
　　
　　第二十六條船舶在錨地過駁作業(yè)，應(yīng)當在相應(yīng)的生產(chǎn)作業(yè)錨地內(nèi)進行。生產(chǎn)作業(yè)錨地由港口行政管理部門設(shè)定并由海事管理機構(gòu)及時公布。
　　
　　船舶不得在未取得港口經(jīng)營許可證的碼頭靠泊作業(yè)。
　　
　　第二十七條禁止在航道、港池、調(diào)頭區(qū)、警戒區(qū)、避航區(qū)、錨地、推薦航線內(nèi)進行養(yǎng)殖、捕撈作業(yè)。
　　
　　除航道、港池維護疏浚外，禁止在閩江口內(nèi)港區(qū)的營前深水區(qū)、馬尾青州作業(yè)區(qū)至松門煤碼頭河段、松門田螺灣,閩安門、中沙、金牌門水域進行采砂作業(yè)。
　　
　　第二十八條船舶在港內(nèi)從事下列活動，應(yīng)當提前二十四小時向海事管理機構(gòu)書面報備：
　　
　　(一)船舶拆修鍋爐、主機、錨機、舵機、電臺；
　　
　　(二)船舶試航、試車、系泊試驗；
　　
　　(三)船舶放艇(筏)進行救生演習；
　　
　　(四)船舶燒焊或者明火作業(yè)；
　　
　　(五)船舶懸掛彩燈；
　　
　　(六)船舶校正磁羅經(jīng)；
　　
　　(七)船舶從事供油作業(yè)；
　　
　　(八)船舶在港內(nèi)進行可能影響船舶和港口安全的其他作業(yè)。