1）全過程控制原則。對醫(yī)院污水產(chǎn)生、處理、排放的全過程進行控制。
        2）減量化原則。嚴(yán)格醫(yī)院內(nèi)部衛(wèi)生安全管理體系，在污水和污物發(fā)生源處進行嚴(yán)格控制和分離，醫(yī)院內(nèi)污水與病區(qū)污水分別收集，即源頭控制、清污分流。嚴(yán)禁將醫(yī)院的污水和污物隨意棄置排入下水道。
        3）就地處理原則。為防止醫(yī)院污水輸送過程中的污染與危害，在醫(yī)院必須就地處理。
        4）分類指導(dǎo)原則。根據(jù)醫(yī)院性質(zhì)、規(guī)模、污水排放去向和地區(qū)差異對醫(yī)院污水處理進行分類指導(dǎo)。
        5）達標(biāo)與風(fēng)險控制相結(jié)合原則。全面考慮綜合性醫(yī)院和傳染病醫(yī)院污水達標(biāo)排放的基本要求，同時加強風(fēng)險控制意識，從工藝技術(shù)、工程建設(shè)和監(jiān)督管理等方面提高應(yīng)對突發(fā)性事件的能力。
        6）生態(tài)安全原則。有效去除污水中有毒有害物質(zhì)，減少處理過程中消毒副產(chǎn)物產(chǎn)生和控制出水中過高余氯，保護生態(tài)環(huán)境安全。